Avec le déclin grandissant des prises de pêches, une augmentation de la production piscicole est attendue pour les prochaines années. Cependant, de nombreux problèmes de reproduction sont observés dans les élevages, principalement une mortalité élevée au début de la vie. Cela concerne principalement des espèces piscicoles pour lesquelles le processus de domestication commence. Mon travail de thèse a visé à mieux comprendre et potentiellement aider à améliorer les performances de reproduction en étudiant le contenu transcriptomique des oeufs de perche commune (Perca fluviatilis) en lien avec leur qualité. Ces résultats participent à la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans la mortalité embryonnaire précoce. Cette espèce, en cours de domestication, revêt une grande importance dans le contexte de la diversification des espèces d’intérêt aquacole en Europe continentale.
J’ai utilisé des analyses par puce à ADN et RT-qPCR pour caractériser les profils d'expression génique dans les oeufs de perche de qualité variables. Les expériences ont été menées dans deux contextes scientifiques. Dans un premier temps, j’ai comparé l’effet des méthodes d’évaluation de la qualité des oeufs sur les résultats transcriptomiques obtenus. Ainsi, les oeufs ont été classés dans des groupes de qualité (bonne ou mauvaise) en utilisant divers critères liés au développement embryonnaire (taux de survie, taux de malformation) et divers seuils limites pour borner ces groupes. L’utilisation de critères de survie embryonnaire précoces a permis d'identifier des profils d'expression génique distincts entre les groupes de qualité. Cependant, le nombre et la nature des gènes exprimés de manière différentielle (DEG) étaient variables. Un seul gène était exprimé de manière différentielle dans toutes les analyses, quelles que soient les conditions. Cela montre à quel point les résultats transcriptomiques sont sensibles aux méthodes d’évaluation qui doivent être sérieusement pris en compte en amont de comparaisons intra et inter-espèces. Dans un deuxième temps, j’ai comparé le contenu transcriptomique d’oeufs de femelles avec des histoires de domestication différentes. Dans cette étude, les femelles les plus proches des populations sauvages présentaient une meilleure qualité d'oeufs. En outre, deux modèles distincts d'expression génique ont été observés et plus de 300 DEG ont été identifiés entre les populations. Étant donné que les causes de la variabilité élevée des performances de reproduction des espèces en cours de domestication sont mal connues, cette découverte pourrait ouvrir de nouvelles hypothèses d’investigation. Enfin, il devenait important de déterminer le moment où le gène identifié dans les approches précédentes soutiendrait exclusivement le développement embryonnaire précoce. Dans ce but, une étude préliminaire
a permis de faire une première évaluation de l’activation du génome zygotique (ZGA) chez cette espèce.
L’ensemble de ces résultats ouvre la voie vers l’établissement de nouvelles méthodes d’investigation de la qualité des gamètes chez la perche commune. Ces méthodes permettront de faire des études précises de l’évolution du succès de développement à chaque génération au cours d’un processus de domestication. Des méthodes similaires pourraient être établies chez d’autres espèces en prenant en compte leurs particularités. Il serait alors intéressant de tenter d’étudier des espèces présentant des caractères communs ou divergents. Nous pourrons alors tenter de comprendre les régulations propres à chaque espèce ou au contraire largement retrouvés chez plusieurs espèces de poisson.
Mots-clés : puce à ADN, contenu de l’ovocyte, ontologie des gènes, ARNm, populations de poissons, cycle de reproduction, oogenèse