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RP2E INRA Université de Lorraine

Thèses et Stages

Offres de thèses

La diversité ichthyologique peut-elle être un outil pour la gestion des communautés microbiennes fixées et circulantes dans les élevages aquacoles en circuit fermé
Domestication en aquaculture continentale (DAC)

Durée : 3 ans

Début : 01/09/2022

Responsable : Pascal FONTAINE ( p.fontaine@univ-lorraine.fr | +33 (0)3 72 74 56 99 )

A l’échelle mondiale, on observe un développement très rapide de l’aquaculture, mais la durabilité des systèmes de production aquacole est de plus en plus questionnée du fait de nombreux changements en cours (climat, bien-être animal, résistance aux antibiotiques, etc.). La mobilisation des principes de l’agroécologie dans le domaine de la pisciculture est de plus en plus recommandée, en s’appuyant notamment sur une exploitation de la biodiversité disponible dans les systèmes d’élevage (biodiversité planifiée ou associée). De telles approches ont été très peu étudiées dans des environnements artificiels tels que des systèmes de production en circuit fermé (eau recyclée). En parallèle, une gestion intégrée de la santé des animaux est aussi de plus en plus recherchée (réduction de l’usage des pesticides et des antibiotiques). Le fonctionnement d’un circuit fermé dépend étroitement des équilibres existant entre les différentes communautés biologiques présentes dans le système, en particulier les communautés ichtyologiques (polyculture) et microbiennes (ex : biofiltres, biodiversité associée), incluant également dans certains cas les communautés végétales (aquaponie).
Les poissons présentent une très forte diversité biologique dans leur organisation morpho-anatomique, en particulier au niveau de leur tractus digestif du fait de la diversité des régimes alimentaires rencontrés (espèces herbivores, omnivores et carnivores). Ces caractéristiques influencent les microbiotes présents dans les tubes digestifs des poissons et pourrait en conséquence influencer les communautés microbiennes présentes dans les circuits fermés. Par ailleurs, ces communautés microbiennes pourraient également être sous l’influence de divers intrants (eau, aliments, matériels, hommes …). Enfin, la production de mucus aux propriétés bactéricides par la peau des poissons, qui est plus ou moins abondante selon les espèces, pourrait aussi influencer les communautés microbiennes.
Dans le cadre d’une approche expérimentale qui s’appuiera sur les équipements de la Plateforme Expérimentale en Aquaculture PEA de l’UR AFPA (structure affiliée au réseau européen AQUAEXCEL et labellisée LUE INFRA+), les objectifs de la thèse seront (i) d’une part de caractériser les effets de la diversité ichtyologique (monoculture vs polyculture) et des intrants microbiens dans les circuits fermés sur les diversités microbiennes fixées et circulantes dans le cadre d’une approche dynamique, et (ii) d’autre part de tester l’hypothèse qu’une biomanipulation du compartiment poisson (association d’espèces) permet une régulation des communautés microbiennes des circuits fermés. L’impact sur les communautés microbiennes liées à la capacité d’épuration des effluents piscicoles et à la prévention de l’émergence de pathologies pour les poissons sera analysé, ainsi que la permissivité des systèmes.
Compétences souhaitées : le(la) candidat(e) devra être motivée, autonome et avoir des bases solides en microbiologie pasteurienne et en biologie moléculaire (séquençage à haut débit, qPCR, metabarcoding). Des compétences complémentaires en biostatistiques, immunologie et physiologie des poissons sont vivement souhaitées. Le(la) candidat(e) devra avoir un bon niveau d’anglais avec une réelle capacité de lecture, de rédaction et d’élocution. Il devra être suivre une formation dans le domaine de l’expérimentation animale. Au cours de la thèse, un séjour dans un laboratoire étranger anglophone sera fortement encouragé.
Mots clés : Diversité ichtyologique, écologie microbienne, transferts de communautés microbiennes, agroécologie, biocontrôle, aquaculture, antibio-résistance
Documents à adresser et personnes à contacter : un CV + une lettre de motivation + 2 lettres de recommandation devront être adressés vant le 31/05/2022 à p.fontaine@univ-lorraine.fr ET frederique.changey@univ-lorraine.fr

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