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RP2E INRA Université de Lorraine

Communications

Identification de gènes de Streptococcus thermophilus activés dans le tractus gastro-intestinal de souris

Club des Bactéries Lactiques, 17-19 juin, Lille, France

Galia, W., Roussel, Y., Uriot, O., Junjua, M., Dary, A.

2015

La bactérie Streptococcus thermophilus, largement utilisée comme levain lactique pour la fabrication de yaourt et de certains fromages, est maintenant considérée pour ces propriétés probiotiques potentielles. Afin d’envisager son utilisation comme vecteur probiotique, il est nécessaire de connaitre son état physiologique lors du passage dans le tractus gastro-intestinal (TGI). Pour cela, la technologie RIVET (Recombinase in vivo Expression Technology) a été développée pour S. thermophilus  LMD9. C’est un outil de transcriptomique ciblée qui permet de détecter des promoteurs activés chez une bactérie se trouvant dans un environnement complexe. La méthodologie utilise une fusion transcriptionnelle au gène de la recombinase Cre dépourvu de son propre promoteur (cre’) en amont duquel sont insérées des séquences d’ADN de la souche à analyser.

L’outil RIVET que nous avons construit chez la souche LMD9 est constitué de deux composants, le plasmide pULNcreB portant la fusion transcriptionnelle et une cassette chromosomique contenant un gène de résistance à la spectinomycine bordé par deux sites lox, cibles de la recombinase Cre. Une banque a été construite dans pULNcreB avec des fragments d’ADN génomique de la souche LMD9 obtenus par digestion partielle et insérés dans le site de clonage situé en amont du gène cre’. Les plasmides recombinants ont été introduits dans la souche porteuse de la cassette chromosomique donnant 44 000 clones avec une taille moyenne d’insert de 0,5kb, ce qui permet d’estimer la représentativité de la banque à plus de 99% du génome.

Les clones de la banque RIVET ont été administrés à des souris Swiss par voie orale puis récupérés dans les selles après un transit d’une durée de 3 à 6 heures. Tous les clones devenus sensibles à la spectinomycine par recombinaison de la cassette RIVET ont été analysés puis la séquence de l’insert de leurs plasmides pULNcreB déterminée. Quinze séquences à l’activité promotrice induite lors du passage dans le TGI de la souris ont ainsi été identifiées.

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